Der Ostberliner Pfarrer Johannes Hildebrandt erzählt von der Sprengung seiner Kirche, die er selbst im Film dokumentierte. Jürgen Meggers, Mitbegründer der West-Berliner Aids-Hilfe, erinnert sich, wie er in Schwulen-Diskos und Bars unterwegs war, um vor Ort aufzuklären. Seine Touren führten ihn auch nach Ost-Berlin, wo man offiziell nichts von dieser Krankheit wissen wollte.

1986 fand der dritte und letzte Agentenaustausch auf der Glienicker Brücke statt, ein Bombenanschlag auf die amerikanische Diskothek "La Belle" in West-Berlin forderte drei Tote und 250 Verletzte und Ost-Berlin feierte den 25. Jahrestag des Mauerbaus. Die damals 19-jährige Westberlinerin Katja Bahadori erinnert sich an die Nacht zum 5. April in der Disko, als mitten auf der Tanzfläche eine Bombe detonierte. Der junge Ostberliner Christian Halbrock erzählt von dem wachsenden Umweltbewusstsein vieler DDR-Bürger, den ersten Protestaktionen und der Eröffnung der Ost-Berliner Umweltbibliothek.

1987 feierten beide Teile Berlins das 750-jähriges Bestehen getrennt. In West-Berlin wurde SMOG-Alarm Stufe 1 ausgerufen, US-Präsident Ronald Reagan forderte am Brandenburger Tor vom sowjetischen KPdSU-Generalsekretär Michail Gorbatschow, das Tor zu öffnen und die Mauer einzureißen. Der Westberliner Polizeibeamte Helmut Sarwas erinnert sich an den 1. Mai in Kreuzberg, als es dort zu heftigen Krawallen kam. Kristina Laduch ist damals als Stadtbezirksarchitektin bei der Restaurierung historischer Häuser und Straßenzüge im Ostberliner Zentrum tätig und erzählt wie Ost-Berlin für die 750 Jahrfeier heraus geputzt wurde während der Rest der Republik weiter verfiel.

Die Reihe dokumentiert den Alltag der Menschen in der berühmtesten geteilten Stadt der Welt: von den Monaten vor dem Mauerbau 1961 bis zur offiziellen Wiedervereinigung Deutschlands 1990. In sich geschlossene Jahreschroniken erzählen, was damals West und Ost bewegte. "Mauerjahre" ist eine Berlin-Chronik im Nachrichtenformat - kompakt, informativ und unterhaltsam. In jedem Jahr kommen Zeitzeugen aus beiden Teilen der Stadt zu Wort und schildern ihre "Mauerjahre" - Episoden aus dem Leben im gespaltenen Berlin.