Detektive David Hodges kann zunächst nicht glauben, dass die beiden Fischer von einem Tier umgebracht wurden. Es stellt sich jedoch heraus, dass ausströmende Chemikalien zur Mutation eines Alligators geführt haben, der sich in der städtischen Kanalisation verbirgt. Als die Bestie weitere Menschen tötet, fordert Detektive David Hodges einen Großeinsatz gegen das Ungetüm. Die negative Publicity einer solchen Aktion käme jedoch dem Großinvestor Vincent Brown äußerst ungelegen. Brown steht kurz vor der Eröffnung eines Freizeitparks, der mitten im Jagdgebiet des Killer-Alligators liegt. Durch Bestechung des Bürgermeisters verhindert der skrupellose Geschäftsmann einen Polizeieinsatz. Brown engagiert auf eigene Faust den Alligator-Jäger Hawkins, der die Angelegenheit ohne großes Aufsehen erledigen soll. Als sich herausstellt, dass Hawkins und seine Leute gegen die Bestie nichts auszurichten vermögen, ist Brown noch immer nicht bereit, die Eröffnung seines Freizeitparks abzusagen. Um eine Katastrophe zu verhindern, steigt Detektive David Hodges zusammen mit einem unerfahrenen Streifenpolizisten in die Kanalisation hinab ...

"Alligator II: Die Mutation" ist ein packend inszenierter Horrorthriller mit vereinzelt eingestreuten parodistischen Momenten.