Im südamerikanischen Urwald Mitte des 18. Jahrhunderts: Eine Gruppe von Eingeborenen bindet einen Priester an ein Holzkreuz und lässt dieses ins Wasser. Das Kreuz treibt flussabwärts und stürzt die imposanten Iguaçu-Wasserfälle hinab. Als der jesuitische Pater Gabriel in die Region gesandt wird, droht ihm ein ähnliches Schicksal.
Doch dem idealistischen Mann gelingt es mithilfe seines Oboespiels, das Vertrauen der indigenen Guraní zu gewinnen und sie in der Missionsstation San Miguel an den christlichen Glauben heranzuführen. Der portugiesische Sklavenhändler Rodrigo Mendoza, der in einem Streit um eine Frau seinen eigenen Bruder getötet hat, schließt sich in einem Versuch der Sühne ebenfalls der Mission an.

Als das Gebiet 1750 durch den Abschluss des Vertrags von Madrid von Spanien an Portugal übergeht, ist der Frieden der Mission und die Freiheit der Guraní gefährdet. Im Zuge seines Versuchs, die drohende Sklaverei zu verhindern, bittet Gabriel den päpstlichen Abgesandten Altmirano, der zugleich als Erzähler der Geschichte fungiert, ins Dorf. Dieser ist fasziniert von der Spiritualität und der Gastfreundschaft in der Mission, beschließt bei seiner Rückkehr aber eine Einhaltung des Vertrags anzuordnen. Nachdem auch der päpstliche Schutz weggebrochen ist, sehen sich Gabriel und Mendoza gezwungen, ihre Differenzen zu überwinden; sie versuchen, die wehrlose Missionsbevölkerung vor dem Angriff der spanischen und portugiesischen Kolonialherren zu schützen ...

Vor der atemberaubenden Kulisse des südamerikanischen Urwalds drehte Roland Joffé das epische Drama um Glauben und Moral nach einem Drehbuch von Richard Bolt ("Lawrence von Arabien", "Doktor Schiwago").

Joffés spezielles Interesse gilt dabei der Darstellung der Eingeborenen, die er mit dem Stamm der Waunana besetzt, deren bisheriger Kontakt mit Weißen minimal gewesen ist und die noch niemals zuvor einen Kinofilm gesehen haben. Historisch akkurat zeichnet der Film die Geschehnisse in den von den Jesuiten errichteten Siedlungen nach: Die Jesuiten hatten sich neben ihrem Missionierungsvorhaben auch den Schutz der Guraní vor der Ausbeutung durch die weiße Oberschicht und Sklavenjäger zur Aufgabe gemacht.

Bei seinem zweiten Kinofilm arbeitet der britische Regisseur Joffé wie schon bei "The Killing Fields" mit Kameramann Chris Menges zusammen, der für seine Arbeit 1987 einen Oscar erhält. Bei den Filmfestspielen in Cannes gewinnt der hochkarätig besetzte Historienfilm 1986 die Goldene Palme. Der legendäre Filmkomponist Ennio Morricone ("Spiel mir das Lied vom Tod", "Es war einmal in Amerika", "Cinema Paradiso") wird, ebenso wie Autor Bolt, für seine Leistung mit einem Golden Globe ausgezeichnet - sein Stück "Gabriels Oboe" gilt bis heute als eine der besten Filmmusiken aller Zeiten.