In episodischer Struktur erzählt "Mysterious Skin - Unter die Haut" die Geschichte eines jungen Mannes über einen Zeitraum von zehn Jahren. Sie beginnt im Kansas des Jahres 1981: Der achtjährige Brian (George Webster) findet sich eines Tages mit blutender Nase im Keller seines Elternhauses wieder - an die vergangenen fünf Stunden kann der Junge sich nicht erinnern. Überzeugt, dass ihr Sohn sich beim Baseball verletzt hat, nimmt Brians Mutter (Lisa Long) ihn aus der Jugendmannschaft. Der achtjährige Neil (Chase Ellison) gehört ebenfalls zum Baseball-Team. In kindlicher Verliebtheit schwärmt er für seinen Trainer (Bill Sage) - ein Umstand, den der pädophile Mann skrupellos ausnutzt, um den Jungen zu missbrauchen. Zwei Jahre später, an Halloween 1983, widerfährt Brian ein weiterer "Zeitsprung". Abermals findet er sich mit Nasenbluten wieder und weiß nicht, was in den Stunden zuvor geschehen ist. Der durch den Missbrauch traumatisierte Neil vertreibt sich derweil die Zeit, indem er Feuerwerkskörper im Mund eines anderen Jungen abbrennt - und ihn anschließend mit Sex "tröstet", beobachtet von der elfjährigen Wendy (Riley McGuire). Mehrere Jahre später: Neil (Joseph Gordon-Levitt), mittlerweile 18 Jahre alt, schlägt sich als Strichjunge durch. Schließlich verlässt er seinen Heimatort und zieht zu seiner Kindheitsfreundin Wendy (Michelle Trachtenberg) nach New York. Brian (Brady Corbet), nun ebenfalls 18, ist derweil besessen von dem Gedanken, dass Außerirdische ihm seinerzeit die "verschwundenen" Stunden seines Lebens gestohlen hätten. Doch erst als Neil und Brian sich durch eine Verkettung von Zufällen in New York begegnen, offenbart sich das schockierende Geheimnis der "verlorenen Zeit" und es stellt sich heraus, dass die Schicksale der beiden Jungen enger miteinander verknüpft sind, als sie dachten - denn auch Brian wurde als Kind von seinem Baseball-Coach missbraucht.

Mit "Mysterious Skin - Unter die Haut", nach dem Roman von Scott Heim, gelang dem Kultregisseur Gregg Araki ("Nowhere") ein ebenso packendes wie eigenwilliges und kunstvolles Drama. Mit großer Sensibilität und spürbarer Anteilnahme behandelt er Themen wie sexuellen Missbrauch, Pädophilie und Prostitution. Das Ergebnis ist ein poetisches Sozialdrama, das lange nachwirkt. In den Hauptrollen sind Brady Corbet ("24") und Joseph Gordon-Levitt ("Halloween: H20") zu sehen.